ในปี 2554 กลุ่มสหสาขาวิชาชีพ ที่ดูแลผู้ป่วยปากแหว่งและเพดานโหว่พิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยเชียงใหม่และคณะทันตแพทย์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ สร้างความร่วมมืออย่างไม่เป็นทางการเพื่อช่วยรักษาดูแลผ่าตัดแก้ไขให้กับผู้ป่วยที่มีความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ

ปี 2558 ได้ดำเนินการโครงการเครือข่ายสร้างความร่วมมือเพื่อดูแลผู้ป่วยในพื้นที่ 8 จังหวัดภาคเหนือจนได้รับรางวัลด้านเครือข่ายความร่วมมือในการดูแลผู้ป่วยปากแหว่งและเพดานโหว่จากสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการก.พ.ร

ในปี 2559 ได้รับการยกระดับให้เป็นศูนย์ภายใต้สังกัดโรงพยาบาลมหาราชนครเชียงใหม่คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ต่อมาขยายการทำงานในรูปแบบบูรณาการองค์ความรู้สหสาขาวิชาชีพมีการพัฒนารูปแบบระบบเครือข่ายอย่างเป็นระบบและพัฒนาฐานข้อมูลโปรแกรมกลางในชื่อ Thai cleft link เพื่อใช้ในการเชื่อมต่อการทำงานร่วมกันของสหสาขาเพื่อใช้ในการส่งข้อมูลการรักษาและวางแผนข้อมูลร่วมกัน

ต่อมาในวันที่ 10 ตุลาคม 2561 ศาสตราจารย์เกียรติคุณนายแพทย์เกษมวัฒนชัย องคมนตรีนายกสภามหาวิทยาลัยเชียงใหม่พร้อมด้วย ศาสตราจารย์ ดร.ไพรัช ธัชยพงษ์กรรมการและเลขานุการมูลนิธิเทคโนโลยีสารสนเทศตามพระราชดำริสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ที่ปรึกษาอาวุโสและนักวิจัยอาวุโสสำนักงานวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติได้นำความกราบบังคมทูลสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงทราบและมีพระราชดำริว่าควรจัดตั้ง ศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะในพื้นที่ภาคเหนือโดยเกิดจากความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ มูลนิธิเทคโนโลยีสารสนเทศตามพระราชดำริฯ และสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ สวทช ได้เรียนเชิญให้ศาสตราจารย์กิตติคุณนายแพทย์จรัญ มหาทุมะรัตน์ หัวหน้าศูนย์สมเด็จพระเทพรัตน์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์สภากาชาดไทย คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มาเป็นกรรมการผู้ร่วมก่อตั้ง“ศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ มูลนิธิเทคโนโลยีสารสนเทศตามพระราชดำริ ฯ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่”  จนกระทั่งสามารถจัดตั้ง ศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ มูลนิธิเทคโนโลยีสารสนเทศตามพระราชดำริ ฯ  ได้ในวันที่ 23 มีนาคม 2562

ศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะมูลนิธิเทคโนโลยีสารสนเทศมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ จัดอยู่ในโครงสร้างส่วนงานวิชาการภายในของมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ที่ทำงานเชิงรุกในการบริการวิชาการถ่ายทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยีและบริการสาธารณสุขเพื่อก่อให้เกิดประโยชน์อันสูงสุดของประเทศในการดูแลทางด้านการแพทย์ด้วยเทคโนโลยีที่ทันสมัยแก่ผู้ป่วยที่มีความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะในเขต 8 จังหวัดภาคเหนือต่อไป

ทั้งนี้ได้รับการอนุเคราะห์จาก ศาสตราจารย์นายแพทย์บรรณกิจ โลจนาภิวัฒน์ คณบดี คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ให้ที่ตั้งของศูนย์อยู่ในพื้นที่ของคณะแพทยศาสตร์ ประกอบไปด้วย ส่วนต้อนรับและรับรอง อาคารสุจิณโณบริเวณด้านหลังลานพระบรมรูปพระบิดา  และให้พื้นที่อาคารตะวันกังวานพงศ์ชั้น 3 เป็นที่ตั้งของสำนักงาน และหน่วยงานภายใน

สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงมีพระราชดำริให้จัดตั้ง “ศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ” ร่วมกันระหว่างมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ และสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ สวทช. จนกระทั่งจัดตั้งได้เมื่อวันที่ 23 มีนาคม 2562  ในนาม “ศูนย์แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ มูลนิธิเทคโนโลยีสารสนเทศตามพระราชดำริฯมหาวิทยาลัยเชียงใหม่  ”มีบริบทเพื่อเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เนื่องในโอกาสทรงเจริญพระชนมายุ 65 พรรษา ดูแลผู้ป่วยยากไร้และครอบครัวที่มีความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ ให้เข้าถึงการรักษา มีคุณภาพชีวิตที่ดี พัฒนาเครือข่ายความร่วมมือด้านการรักษาพยาบาล พัฒนาองค์ความรู้ในการรักษาพยาบาลผู้ป่วยความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะแก่แพทย์และบุคลากรทางการแพทย์ ตลอดจนพัฒนาวิจัยและนวัตกรรมเทคโนโลยีทางการแพทย์ดูแลรักษาพยาบาลผู้ป่วยความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ มาขยายผลการใช้งานอย่างมีมาตรฐานและประสิทธิภาพ พัฒนาเครือข่ายความร่วมมือด้านการรักษาและงานวิจัยกับศูนย์สมเด็จ สมเด็จพระเทพรัตนฯ แก้ไขความพิการบนใบหน้าและกะโหลกศีรษะ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และได้รับการสนับสนุนด้านเทคโนโลยีและความร่วมมือ
การดำเนินงานความร่วมมือแบบบูรณาการข้ามศาสตร์สาขาวิชา ได้แก่ คณะแพทยศาสตร์ คณะทันตแพทยศาสตร์ คณะเทคนิคการแพทย์ คณะวิศวกรรมศาสตร์ และสำนักบริการเทคโนโลยีสารสนเทศ เป็นต้น